قصة أنمي RahXephon تدور بداية القرن الواحد و العشرين. طالب ثانوية اسمه Kamina Ayato يعيش وحيدا مع أمة و بطريقه الى مركز اختبار التدريب, يجد أياتو و بفجأة أنه قد تم القبض عليه في وسط هجومات جوية واسعة المجال من قبل مقاتلين مجهولين قاموا بنسف المدينة. في رحاب المدينة المدمرة, في مشهد يجلب الى الذاكرة رسمة من رسمات أياتو, يلتقي أياتو بفتاه غامضة تدعي Mishima Reika. بإتباع ريكا, يركب أياتو قطار ممر عبور المشاة التحتي و يصل الى الملجىء ليأتي للحظة خروج الرجل الآلي العملاق “RahXephon ” من بيضتة. “سوف أخبرك بالحقيقة”. بعد سماع هذه الكلمات المشئومة, يحاول أياتو الهروب من طوكيو مع الأمرآة الغامضة, ولكن بإرشاد ريكا, يتزامن أياتو مع RahXephon و يستطيع الذهاب الى داخل جسمه. أخيرًا قد أتي وقت الإدراك. يسحق RahXephon الأسلحة الجبارة, Dolem, و يطير خارج طوكيو. بالنظر الى بلده من الخارج, يكتشف أياتو الشيء العملاق الأشبة بالمشتري “Tokyo Jupiter”. و قعت العاصمة تحت احتلال الوجود الغامض, Mu, و سدّت بغشاءاً غريب; أما سكان المدينة, فقد أصبحوا يتبعون حياة خاطئة. على رأس ذلك, تقدم الوقت في الخارج اثنا عشر سنة عن الوقت في الداخل.
